农村自建房办理不动产权证需要向集体经济组织提出申请或城管部门提出申请。

农村居民建房申请宅基地的审批程序：

1、向集体经济组织提出申请或城管部门提出申请；

2、对于申请建房户，村集体经济组织应该在醒目的地方进行张榜公示(15个工作日以上)；

3、国土资源管理所以及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审；